Το 1979 αποχώρησε από την σκήτη του Τιμίου Σταυρού και κατευθύνθηκε προς την Μονή Κουτλουμουσίου. Εκεί εισχώρησε στή μοναχική αδελφότητα ως εξαρτηματικός μοναχός.
Η Παναγούδα ήταν ένα κελί εγκαταλελειμμένο και ο Παΐσιος εργάστηκε σκληρά για να δημιουργήσει ένα κελί με «ομόλογο», όπου και έμεινε μέχρι και το τέλος τη ζωής του.
Από την εποχή που εγκαταστάθηκε στην Παναγούδα πλήθος λαού τον επισκεπτόταν. Ήταν μάλιστα τόσο το πλήθος ώστε να υπάρχουν και ειδικές σημάνσεις που επεσήμαναν τον δρόμο προς το κελί του, ώστε να μην ενοχλούν οι επισκέπτες τους υπολοίπους μοναχούς. Επίσης δεχόταν πάρα πολλές επιστολές. Όπως έλεγε ο γέροντας στενοχωρείτο πολύ, γιατί από τις επιστολές μάθαινε μόνο για διαζύγια και ασθένειες ψυχικές ή σωματικές.
Παρά το βεβαρημένο πρόγραμμά του, συνέχιζε την έντονη ασκητική ζωή, σε σημείο να ξεκουράζεται ελάχιστα, 2 με 3 ώρες την ημέρα. Εξακολούθησε όμως να δέχεται και να προσπαθεί να βοηθήσει τους επισκέπτες.
Συνήθιζε επίσης να φτιάχνει «σταμπωτά» εικονάκια τα οποία χάριζε στους επισκέπτες σαν ευλογία.Από τότε άρχισε να δέχεται πολλές επισκέψεις. Ήδη το όνομά του έχει αρχίσει να γίνεται αρκετά γνωστό μακριά από το Όρος και κάθε λογής βασανισμένοι άνθρωποι οδηγούνταν σε αυτόν, μαθαίνοντας για ένα χαρισματούχο μοναχό που ονομάζεται Παΐσιος.
