Το 1964 επέστρεψε στο Άγιο Όρος, από όπου δεν ξαναέφυγε ποτέ. Έμεινε στη Σκήτη Τιμίου Προδρόμου Ιβήρων. Την εποχή εκείνη ήταν υποτακτικός του Ρώσου μοναχού Τύχωνα, που ασκήτευε στο Σταυρονικητιανό κελλί του Τιμίου Σταυρούμέχρι το θάνατό του το 1968, μετά τον οποίο, ακολουθώντας την επιθυμία του Τύχωνα, έμεινε στο κελί του για έντεκα χρόνια. Τον ίδιο χρόνο, συμβούλεψε έναν από τους κοντυνότερους μαθητές του, το Βασίλειο Γοντικάκη να γίνει ηγούμενος για να βοηθήσει την ανακατασκευή της Μονής Σταυρονικήτα, που ήταν σημαντικό βήμα για την αναβίωση του μοναχισμού στον Άθω. Ο Γέροντας Παΐσιος ευλαβείτο πολύ το γέροντά του, Τύχωνα, και πάντα μιλούσε με συγκίνηση γι’αυτόν.
Tο 1966 ασθένησε σοβαρά και εισήχθη στο Νοσοκομείο Παπανικολάου. Υποβλήθηκε σε εγχείρηση, με αποτέλεσμα μερική αφαίρεση των πνευμόνων. Στο διάστημα μέχρι να αναρρώσει και να επιστρέψει στο Άγιο Όρος φιλοξενήθηκε στο Ιερό Ησυχαστήριο Αγίου Ιωάννου του Ευαγγελιστού στη Σουρωτή. Επέστρεψε στο Άγιο Όρος μετά την ανάρρωσή του και το 1967 μετακινήθηκε στα Κατουνάκια, και συγκεκριμένα στο Λαυρεώτικο κελί του Υπατίου.
Το επόμενο έτος μεταφέρθηκε στη Μονή Σταυρονικήτα. Βοήθησε σημαντικά σε χειρωνακτικές εργασίες, συνεισφέροντας στην ανακαίνιση του μοναστηριού.
